Gemeint sind in der Tat Trojaner, die es einem Angreifer ermöglichen, den befallenen Computer zu kontrollieren und vertrauliche Informationen zu stehlen. Solche Trojaner konnte das Tool von 3,5 Millionen PCs entfernen. Eine Mehrheit dieser Trojaner waren Bots, wie sie beispielsweise für DoS-Angriffe oder für den massiven, unentdeckten Spam-Versand missbraucht werden.
Auf immerhin 14 Prozent aller Rechner konnte das Tool auch Rootkits entfernen. Einen großen Teil davon machte das Rootkit aus, das sich über ein umstrittenes Kopierschutzverfahren von Sony BMG ausbreitete.
Microsoft zufolge sind für die Verbreitung der Malware neben Sicherheitslücken vor allem Social Engineering-Techniken verantwortlich. Würmer, die sich per E-Mail, Peer-to-Peer-Netze und Instant Messenger verbreiten, machen immerhin 35 Prozent der vom MSRT entfernten Schädlinge aus.
Wer das automatische Update aktiviert hat, erhält das MSRT automatisch monatlich von Microsoft. Auch über die manuelle Update-Funktion lässt sich der Computer mit Hilfe dieses Tools desinfizieren.
