Nach dem Start prüft die Software automatisch, ob auf den Servern von Avira eine neue Programmversion vorliegt und lädt diese gegebenenfalls automatisch herunter. Die Bedienung des Programms ist bewusst einfach gehalten, nachdem Sie den Nutzungsbedingungen zugestimmt haben, kann der Systemscan mit einem einzigen Klick gestartet werden. Wer auf Nummer sicher gehen möchte, kann außerdem eine vollständige Systemprüfung durchführen, welche jedoch spürbar länger dauert.
Nach dem Scan zeigt die Software alle gefundene Malware an. Diese kann dann auch direkt gelöscht werden. Zusätzlich lässt sich der EU-Cleaner auf ein USB-Gerät kopieren. Dadurch können auch Computer überprüft werden, die nicht an das Internet angeschlossen sind.
Es gilt zu beachten, dass die Software keinen herkömmlichen Virenscanner ersetzen kann, da es keinen permanenten Hintergrundschutz bietet.
Avira EU-Cleaner setzt mindestens Windows XP mit installiertem SP 2 voraus und arbeitet mit 32-und 64-Bit-Versionen des Betriebssystems zusammen. Auf der Website der Initiative botfrei.de gibt es außerdem zahlreiche Informationen dazu, welche Daten das Tool sammelt und übermittelt.