Die Malware ist modular aufgebaut, was ihren Kontrolleuren erlaubt, je nach anzugreifendem Ziel spezifische Funktionen hinzuzufügen oder zu entfernen. Einige Module steuern die Grundfunktionen der Malware, etwa die Vernetzung oder den Umgang mit dem eigenen verschlüsselten virtuellen Dateisystem (Encrypted Virtual File System, EVFS). Andere agieren als Schadfunktionen, die die Auswirkung auf das mit Regin infizierte System bestimmen. In seinem aktualisierten Whitepaper berichtet Symantec von der Entdeckung 49 weiterer Module. Doch auch mit ihnen, die die bisher bekannte Anzahl auf 75 erhöhen, bleibt die Liste unvollständig. Die Experten fanden bei den analysierten Modulen Hinweise auf weitere Schadfunktionen.
Symantec entdeckte darüber hinaus eine umfangreiche Command-and-Control-Infrastruktur (C&C). Das komplexe Kommunikationssystem funktioniert über mit Regin infizierte Computer, die den Datenverkehr weiterleiten: Ein kompromittierter Rechner kann für einen anderen als Proxy fungieren, kommuniziert wird Peer-to-Peer (P2P). Die genutzten Netzwerkprotokolle sind außerdem erweiterbar und können für jedes kommunizierende Paar eigens konfiguriert werden. So hat der Angreifer eine fein abgestufte Kontrolle über die C&C-Kommunikation.
Die gesamte C&C-Kommunikation ist stark verschlüsselt und verläuft zweistufig: Über einen Kanal kontaktiert der Angreifer den infizierten Computer und weist ihn an, die Kommunikation über einen zweiten zu eröffnen. Für die Basisfunktionen der Kommunikation ist ein einziges Regin-Modul zuständig, für die verschiedenen Protokolle je ein eigenes Modul. Insgesamt identifizierte Symantec sechs Transportprotokolle: ICMP, UDP, TCP, HTTP Cookies, SSL und SMP. Die Kommunikationsfähigkeit des Trojaners erlaubt es, jedem infizierten System eine virtuelle IP-Adresse zuzuweisen. So entsteht ein Virtuelles Privates Netzwerk (VPN), mit dessen Hilfe der Angreifer Zugang zu kritischen Ressourcen in kompromittierten Organisationen erlangen und dank der Maskierung aufrechterhalten kann. Zu den weiteren Kommunikationsfähigkeiten zwischen den Modulen gehört RPC (Remote Procedure Call), mit denen die Module beispielsweise aktualisiert werden können.